Il coordinamento del CIRI-IT è collocato presso il Dipartimento di Scienze della Salute dell'Università di Genova. Il coordinamento tecnico è eseguito dal Dr. Piero Lai, che è in contatto con tutti i referenti delle nove Regioni che costituiscono la rete di Sorveglianza. I compiti del cooordinamento inter regionale sono: costituire la base-dati, fornire gli strumenti supporto informatico ai medici sentinella, consulenza continuativa ai medici sentinella, elaborazione settimanale dei dati, pubblicazione dei dati sul sito WEB, invio dei dati aggregati all' Istituto Superore di Sanità, che provvede alla pubblicazione del bollettino settimanale nazionale (www.Influnet.it).

I compiti dei refernti regionali sono: incentivare l'adesione al progetto di nuovi medici sentinella, reclutare e formare i nuovi medici sentinella, coordinare la rete di sorveglianza a livello regionale, garantire la continuità dell'attività dei medici sentinella, validare il report mensile di controllo,  tenere il collegamento con le Autorità Sanitarie Regionali.